Dans Aqua, les joueurs développent un récif corallien à partir d’un point de départ. Le principe de jeu repose sur l'ajout de tuiles pour agrandir sa zone, à la manière de jeux comme Akropolis ou Cascadia. Le jeu se déroule en deux phases principales par tour :
- Extension du récif : Prendre une nouvelle tuile corail sur le marché et l’ajouter à son plateau.
- Attraction d'animaux : Attirer des animaux marins en créant les modèles de coraux requis. L’objectif est de favoriser la biodiversité : les petits animaux colonisent les coraux, permettant ensuite d’attirer des animaux plus grands. À la fin de la partie, le joueur avec le meilleur écosystème – formations coralliennes optimales et nombre d’animaux attirés – remporte la victoire. Le jeu propose plusieurs défis et modes de jeu, incluant un mode solo.

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